慢性胆管炎大多数是急性胆管炎遗留的结果。急性胆管炎经非手术治疗后，急性炎症获得控制，但未解决胆管内的原发病因（如肝内外胆管结石，胆道蛔虫症或奥狄括约肌狭窄等），胆管内炎症病变转为慢性，胆管壁增厚。由于存在梗阻性病变，胆管常扩张，直径达2～3cm，甚至5cm。当胆管梗阻变为完全或其中细菌感染加重时，即可造成急性炎症发作。多次反复的急性发作，将进一步加重胆管慢性炎症的病变程度，特别在胆管下端oddi括约肌乳头部和肝内胆管各分支内，经过反复多次的急性发作后，常可造成胆管下端纤维疤痕组织增生和狭窄，以及肝内胆管各段分枝的环境狭窄，这样更加重了肝内外胆管的梗阻程度。